การปฏิรูประบบราชการเมื่อปี พ.ศ. 2545 ส่งผลให้มีการปรับเปลี่ยนกระบวนการบริหารงานและการปรับปรุงโครงสร้างส่วนราชการในทุกกระทรวง ทบวง กรม ครั้งใหญ่ ซึ่งเป็นผลมาจากพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2545 และ พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ที่มีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ.2545 โดยมาตรา 3/1 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2545 ได้มุ่งเน้นให้การบริหารราชการแผ่นดินต้องเป็นไปเพื่อประโยชน์สุขของประชาชนและเกิดผลสัมฤทธิ์ต่อภารกิจของรัฐ และกำหนดให้มี คณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.) เป็นกลไกขับเคลื่อนให้เกิดผลสัมฤทธิ์ดังกล่าว โดยมี สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (สำนักงาน ก.พ.ร.) เป็นหน่วยงานหลักในการพัฒนาระบบราชการ ทำหน้าที่สนับสนุนการทำงานของคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ ในการเสนอแนะและให้คำปรึกษาแก่คณะรัฐมนตรีเกี่ยวกับการพัฒนาระบบราชการและงานของรัฐอย่างอื่น ซึ่งรวมถึงโครงสร้างระบบราชการ ระบบงบประมาณ ระบบบุคลากร มาตรฐานทางคุณธรรมและจริยธรรม ค่าตอบแทน และวิธีปฏิบัติราชการอื่น ให้เป็นไปตามเจตนารมณ์ของพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2545 และพระราชกฤษฎีกาว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี พ.ศ. 2546
จึงนับได้ว่าสำนักงาน ก.พ.ร. ถือกำเนิดขึ้นเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม 2545 โดยในครั้งนั้นได้กำหนดให้สำนักงาน ก.พ.ร. มีลักษณะเป็นส่วนราชการในสำนักนายกรัฐมนตรีที่ไม่มีฐานะเป็นกรม ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี
ต่อมา พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 7) พ.ศ. 2550 ซึ่งมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 15 กันยายน 2550 ได้กำหนดให้สำนักงาน ก.พ.ร. เป็นส่วนราชการในสำนักนายกรัฐมนตรี ทำหน้าที่รับผิดชอบงานธุรการของ ก.พ.ร. และหน้าที่อื่นตามที่กฎหมายหรือ ก.พ.ร. กำหนด โดยมีเลขาธิการ ก.พ.ร. ซึ่งเป็นข้าราชการพลเรือนสามัญ เป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการและลูกจ้างของสำนักงาน ก.พ.ร. และรับผิดชอบการปฏิบัติราชการขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี ดังนั้น สำนักงาน ก.พ.ร. จึงถือเอาวันที่ 15 กันยายนของทุกปีเป็นวันคล้ายวันสถาปนาสำนักงาน ก.พ.ร.
